黒髪少女隊えくすてはドキ★ドキ学園ラブコメディADVです。

前作「黒髪少女隊」のラストストーリーから始まる5篇のショートシナリオ！

第一話「アフタープロローグ」
黒髪少女隊の前に現れた学園長の催馬楽の正体は、「まつろわぬ者」だった。魔人「砕狼」の封印が解かれると思われたとき、事態は思わぬ方向へと向かっていったのだった。
「黒髪少女隊」本編の結末部分をより詳細に描き、新たなストーリーへのプロローグが語られる。

第二話「懐かしい風景」
久世愛歌が姿を消し、薫の中にはいくつもの謎と疑問だけが残った。黒髪少女隊のこと、まつろわぬ者のこと、消えた愛歌のこと、そして自分の出生の秘密。
様々なことが心にモヤとなって漂いはじめ、それを払拭するように休日を利用して実家へ帰った薫。懐かしい風景を目にしてほんの少しノスタルジアを満たすと、薫はふと目にしたアルバムの中に意外な人物を見つける。そしてその写真を手にしたとき、謎と向き合うことを決意するのだが……。

第三話「新会長誕生！」
最上級生の6年生が卒業し、菖蒲や三瀬院蘭子も逢諒学園を去ることになった。菖蒲は次の御小姓（黒髪少女隊のリーダー）に紫苑を指名し、一方蘭子が築き上げた紅牡丹会を誰が引き継ぐのか、学園生の注目が集まった。だが指名されたのは、なんとライバル関係にあった黒髪少女隊の護身刀、つまり天津袖紫苑が紅牡丹会の会長として指名されたのだった！！
全学園生のアイドルである紫苑は、退くにひけずどちらも引き受けることになり、紅牡丹会は新体制での運営が始まった。
だが、これまで挑みかかるだけだった黒髪少女隊から逆に挑戦状を叩きつけられる！なんと雅と撫子が紫苑が新会長として相応しい器かどうか見極めるから対決しろ、というのであった。紫苑は薫に頼み込んでペアの相手となってもらい、雅が作った陣取り合戦に挑むことになったのだが……。

第四話「季節はずれの怪談」
陣取り合戦に勝利した紫苑と薫。紫苑は正式（？）に会長として認められ、多忙な日々を送る。だがその時間が増えていくにしたがって黒髪少女隊の面々と過ごす時間は自然と減っていった。すっかり薫、雅そして撫子の三人で行動することが多くなったが、三人とも一抹の寂しさは隠し切れないでいた。
そんな折、学園内で、ある教室の特定の机に願い事を書いたノートを入れておくとその願いが叶う、という噂が流れる。噂が広がるにつれて紅牡丹会としてこれを放置しておくことができなくなった紫苑は、（ヒマそうな）黒髪少女隊の三人に真偽を確かめるように依頼する。
ここぞとばかりに張り切って自分の開発したアイテムを使う雅や面倒くさいと言いながらも目を輝かせる撫子を率いて薫は調査を開始するのだった。

第五話「八葉」
ある日、蘭子がお見合いをするという情報を雅が入手してくる。撫子は面白がってチョッカイを出そうとお見合い現場に乗り込んだ。が、それを見つけた蘭子は黒髪少女隊を指導してやる！と教師になる道を選ぶ。数ヶ月が過ぎ、蘭子が教育実習の為に逢諒学園へ帰ってきた。はじめは茶化していた撫子だったが礼儀作法やら何やらを叩き込まれるうちに青色吐息になり勢いはトーンダウンしていった。そんな中で学園長に」呼び出された蘭子が意気揚揚と部屋に入るとそこに居たのはなんと天敵の菖蒲であった！